DHLとEMSでは関税の計算方法に違いがあるのでしょうか？

Answer

DHLを含む民間業者と郵便（EMS等）で課税価格や関税率、消費税率が異なることはありません。
但し、民間業者の場合は立て替え納税手数料、郵便の場合は通関料がそれぞれ掛かり、その金額が異なります。

・郵便 → 200円（20万円以下の場合）or 6600～12000円（20万円を超える場合）
・FedEX → 関税・消費税の2％ or 500円のうち高いほう
・DHL → 関税・消費税の2％ or 1000円のうち高いほう
・UPS → 関税・消費税の2％ or 1000円のうち高いほう

今回の商品が20万円以下だとすれば、
立て替え手数料の差額は800円（DHL1000円－郵便200円＝800円）ですが、
今回2700円の差が生じています。

したがって、
立て替え手数料以外の要因もあるはずで、
その可能性としては、

・商用課税か個人課税か→以前は個人課税で今回は商用課税だった。
・品目の違い→通関を担当した職員やインボイスの内容の違いにより、同商品なのに以前と今回で別の品目に分類された。

が挙げられます。

なお、このような時は輸入許可証を見比べることで原因が判明します。
民間業者は荷物に輸入許可証が付属しませんが、各サポートに問い合わせることによって取り寄せることが可能です。